المسحة  الأنفية البلعومية لها بعض المزايا عن المسحة البلعومية:

1. يمكن أن تبقى مسحة البلعوم الأنفي في البلعوم لفترة طويلة من أجل الحصول على المزيد من العينات ، وهذا هو السبب في أن المعدل الإيجابي للمسحة الأنفية البلعومية أعلى من مسحة البلعوم الفموي.
2. خطر التعرض لأخذ عينات المسحة الأنفية البلعومية أقل من مسحة الفم والبلعوم ، لأننا نستطيع الوقوف خلف المريض عند أخذ العينات ، ونطلب من المريض سحب القناع لأسفل لفضح الخياشيم فقط وتغطية الفم ، ولا يوجد بحاجة إلى النظر مباشرة إلى تجويف فم المريض. ولا يوجد تقريبًا منعكس بلعومي مع مسحة البلعوم الأنفي ، وقد يعاني عدد قليل من المرضى من منعكس العطس بعد أخذ العينات ، ويمكن تغطية المريض بأكواع أو مناشف ورقية ، ولأن أخذ العينات ليس أمام المريض مباشرة. خطر التعرض لمسحة البلعوم الأنفي أقل نسبيًا ، مما يقلل من الضغط النفسي لأخذ العينات.

إن عيب المسحة الأنفية البلعومية هو أن المرضى الذين يعانون من مسحات الفم والبلعوم لديهم خوف نفسي أكبر ، وأن العينات لديها تدريب أكثر احترافًا.

سواء كان الأمر يتعلق بجمع مسحة من البلعوم أو مسحة بلعومية ، فإن عمق التجميع ومدة التلامس مع الغشاء المخاطي هي النقاط الرئيسية. إذا لم يتم جمع مسحة البلعوم الأنفي في أعماق التجويف الأنفي البلعومي ، فإن المريض يعاني من رد فعل قوي للقيء عند جمع المسحة الفموية البلعومية ، مما يؤدي إلى عدم كفاية وقت أخذ العينات. في هذا الوقت ، معظم الخلايا التي يمكن جمعها هي خلايا خالية من الفيروسات ، والتي قد تسبب "سلبية كاذبة". قد يكون هذا أيضًا أحد الأسباب التي تجعل المرضى الذين يعانون من اختبار الحمض النووي السلبي يظهرون الحمض النووي إيجابيًا مرة أخرى أثناء إعادة الفحص. في دراسة صينية ، تمت مقارنة طرق NPA و OPS ، وتمت مراجعة آداب أخذ عينات الجهاز التنفسي لـ SARS و MERS و H1N1 ، وخلص إلى أنه من بين جميع طرق أخذ عينات الجهاز التنفسي العلوي ، كانت مسحة البلعوم الأنفي ومسحة البلعوم الفموي (NS + OPS) الأقل ضررًا. إلى الطاقم الطبي.